眭固自杀出降是在五月十三。第二日夏侯惇入据内城，兖州各郡分驻外郭。曹军打开城中粮库，发现其中囤米已不足万斛，最多可以支撑全城两月所需。而府库中铠甲、器仗也已见底，只剩下取下的箭簇等待更新箭杆。看来只围不打，恐怕只要一个多月，城中也就山穷水尽了。
第三日，也就是五月十五，各军开始纵情大掠。曹军的做法是，在各自辖区内，分出无数小队，搜罗人口并将之集中到容易关押之处，比如他们礼拜的道观。历城作为黄巾经营最久的城池之一，满城都是中黄太乙观。兖州军士在搜罗人口的时候，遍入富户大室，抢走便与携带的金银绸缎。为了获取财物，拷掠主人直至惨死者，随处都可以瞥见。
历城为通衢之城，十余年来商旅汇集，富裕人家比邻而居，是齐汉中名列前五的重镇，可如今都无法逃脱遭遇疯狂抢劫的命运。长剑三两兖州军人，身披绫罗绸缎，出入朱门，牵人妻女入室奸淫。人们的悲泣哀嚎，换来的不过是无情的鞭挞。
人口搜罗得差不多之后，平常摩肩擦踵喧嚷热闹的大街小巷，已是一片空荡荡了。路边街角，随处可见冻饿倒毙的死人。兖州骑士穿街过巷纵马驰骋，不仅死尸被践踏得面目全非，很多倒在路上不能行走的活人，也被翻飞的马蹄活活踩死。
人去楼空的街巷，成了野狗出没的场所，常常看到数十只狗子撕咬抢夺血腥发黑的内脏。加上现在已是夏日，蚊虫滋生，很快，全城都能闻到股股腐尸的臭气。原本为历城人所羡慕，飞往济水北岸的乌鸦，此时又成群结队飞了回来。他们落脚在屋顶树杈，穿巷飞掠而下，踩在死人的脸上啄食眼珠。
城中被俘的军人，主要集中在城北各楼。兖州士卒不问缘由，先拉出一部进行屠杀。军人号哭之声持续了一个下午，死者数以千计，血腥之气十里外都可闻到。苦于直接杀人太费劲，就慢慢停止了。晚上，有俘虏哀声问说：“不是说好为奴吗？何至于此。”但还未有曹军回答，就有俘虏反过来斥责说：“男儿生在天地之间，堂堂正正，他等违约自是小人行径，我等领死就是，何故做小儿态！”
其中又有人从中认出左军军候刘石，知道他在河口会战里临战投降曹操的事迹，当即大骂道：“你这瞎眼狗，也敢来这里屠杀故旧吗？”刘石闻言羞愧不敢抬首，只得匆匆走出城北，向曹操禀告此事。
而此刻的曹操大营，也正处于争端之中。朱皓来到曹营，本就带着刘备临行前的嘱咐，让他关照曹军，切勿再行奉高之事。这件事虽是与曹操的密探，但众将都也是知道的，所以此战本来也没有屠城的打算。孰料曹操在历城投降后，竟然临时反悔，不止要杀降，竟连城中百姓也毫不放过，这在僚佐中自然引起了轩然大波。
朱皓主动找曹操申述道：“曹公说好大赦，还是让将士们都收敛一些吧！”曹操冷笑道：“这些贼子杀戮国家三公，是无赦可免的死罪，难道仲明听说过这样的前例吗？”
朱皓愕然，无言以对。从这个时候开始，他对曹操的尊敬都了无踪影，只剩下一怀愤懑。他转而去找曹操麾下的那些僚佐，希望他们能够忠于朝廷，帮助自己救下部分百姓。
可军中大部分将领都对朱皓的言语嗤之以鼻，他们正因劫掠和屠城大发横财，自然是听不进去的。但还好，州府中也有僚佐如陈宫、魏种、臧洪等，心中对朝廷更为忠诚，对曹操酷烈的行事也有所不满。他们便也对朱皓应允，一齐向曹操进言。奈何曹操仍旧不从，只说：“军士即已入城，哪有让他们再出的道理？逆贼之心与我军心相比，又如何能够并论？”
这时候，恰逢刘石进来问如何更快屠杀俘虏，曹操摆手说：“这有什么难的？杀人最简单的是挖坑填埋，不费力气，也不见血腥气，如果还是嫌慢，那就扔济水里去。”陈宫等人在旁听得骇然。
当夜，兖州士卒将数千齐人俘虏牵至城外沟堑中填埋。第二天早上，又大群野狗跑来刨坑，乱箭也射之不去。朱皓看得这幅惨状，无言以对，他又私下与陈宫臧洪等人哀叹说：“曹操贪鄙残忍，杀掠我青州百姓，致使济南涂炭，万民死亡。大将军得知，就会说是我办事不利，才导致如此惨状，将来即使攻下青州，人们心怀仇怨，无法治理，过错都将在我的头上啊！”
陈宫见朱皓神情低沮至极，沉吟片刻，忽然压低声音向前，对他说道：“这怎么会是朱君的错处？当年刘兖州兵败泰山，举州惶惶，我见孟德多智善战，又似心念朝廷，才聚众推举他为州牧。可知人到底难知心，我知曹孟德有武略，却不知他行事如此酷烈，十倍甚于主父偃！且此前与边使君多有龃龉，如今又不从于大将军，来日岂非朝廷之大患乎？”
朱皓闻言，心中有了几分赞同，问他道：“陈从事的意思，是要我怎么做呢？”
陈宫趁机建议说：“曹孟德屡屡有不义之举措，可大将军却不能大肆处罚，为何？是担忧一旦罚罪，曹孟德便会拥兵作乱罢！他地处中原，毗邻东京，若处理不慎，恐怕有庆夫之忧。这对大将军确实是个难事，但对于我们却不成问题，朱君可回去禀告于大将军，此战一毕，我等回到兖州，会暗中联络州中忠志之士，待有所成，大将军可下令处罚，我等便以各县府归诚于朝廷，擒拿曹操！如此一来，兖州就能真正归于朝廷！”
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